对实验的反应 实验本身受到了关于在科学实验上的伦理质疑，因为这项实验对参与者施加了极度强烈的情感压力(虽然这种压力可以说是由他们本身自由操作所造成的)，尽管这项实验带来了对人类心理学研究的宝贵发现，许多现在的科学家会将这类实验视为是违反实验伦理的。 米尔格拉姆则辩护道，之后的调查发现当时的参与者中有84%称他们感觉"高兴"或"非常高兴"参与了这项实验，15%参与者选择中立态度(有92% 的参与者做了事后的调查)，之中许多人事后还向米尔格拉姆表达谢意。而且米尔格拉姆还不断接到这些前参与者想要再次协助他进行实验，甚至想加入他的研究团队。
六年后(也就是越战规模最大的时期)，其中一个前参与者与米尔格拉姆联系，表示为何他们会感觉"高兴"参与了这项实验： "1964年当我在进行实验时，虽然我相信我是在伤害某个人，但我完全不晓得我为什么要这样做。当人们根据他们自己所信仰的事物并顺从的服从权力者行动时，很少人会意识到这点...请允许我这样认为，我被权力机关征召入伍，而这将会让我做出一些连我自己都会害怕的坏事. ... 如果我拒绝服兵役的良心申请(Conscientious Objector)不被权力机关所批准，我已经准备因此而去坐牢，这对我的良心而言是唯一的选择。我唯一的希望，是我那些同样被征召的伙伴们也能如此发挥他们的良心..." 不过，实验的经验并不是对每个参与者都有终身的改变。许多参与者都没有依据现代的实验标准被告知细节，离去时的面谈也显示许多参与者看起来仍没有理解到这项实验的真实情况。
实验所引起最主要的评论不在于实验方法的伦理争议，而在于实验所代表的意义。
一位在1961年的耶鲁大学参与者在Jewish Currents杂志上写道，当他在担任"老师"的中途想要停止时，便是怀疑到"整个实验可能只是设计好，为了测试寻常美国民众会不会遵从命令违背道德良心—如同德国人在纳粹时期一样"而这便是实验的初衷之一。
米尔格拉姆在他《服从的危险》一书中便称："我们所面临的问题便是，我们在实验室里所制造的使人服从权力的环境，与我们所痛责的纳粹时代之间有怎么样的关联。"
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